Foram produzidos 26 episódios para a segunda série de Tenchi Muyo. Nessa fase Tenchi decide se mudar para a cidade de Tokyo, ele recebe uma proposta pra ajudar um monge muito amigo de seu avó a cuidar de um Templo que ele tem em Tokyo, para desespero das garotas que ficaram na cidade de Okayama curtindo um amor a distância. Longe das distrações do campo. Nessa serie também aparecem novas personagens, uma delas tem o nome de Yugi. Yugi é a vilã que quer enfraquecer os cristais para poder conquistar a terra. Yugi permaneceu presa em baixo de Tokyo até que um recente terremoto soltou-a. Ao acordar, seus 3 servos reviveram e a acompanharam. Seu objetivo era capturar o cristal que Tenchi usava em seu pescoço até ele ser repartido em vários fragmentos. Cada fragmento foi dado a uma das garotas representando a ligação entre eles. Yugi quer esse cristal mas não pode pegá-lo de Tenchi simplesmente. Para enfraquecer o poder do cristal, Yugi manda uma sombra de si mesma para Tenchi, e tenta deteriorar a ligação entre eles. O nome dessa sombra é Sakuya.